Wie Sequenzabdeckung Berechnen

Enrichment Studien erfordern die Berechnung der Sequenzdaten , um das Niveau der Berichterstattung zu bestimmen. Dies wird vor allem mit Gen-Sequenzierung Labors erfordern integrierte DNA Probenvorbereitung und die Anreicherung Pooling getan . Berechnung Sequenzierung Berichterstattung erfordert die Verwendung von Variablen , die die mittlere Sequenzierung Abdeckung , die insgesamt gezielte Grundlagen und die Anreicherungseffizienz umfassen . Dieser Berechnung wird durch Eingabe aller dieser Variablen in einer Gleichung durchgeführt . Anweisungen
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Schreiben Sie die Gleichung verwendet , um den Mittelwert Sequenzierung Deckung berechnen. Dies wird , wie die gewünschte Abdeckung geteilt durch mittlere normalisierte Deckung zu suchen. Wenn die gewünschte Abdeckung ist 10x und die mittlere normierte Berichterstattung ist 0,2 , dann ist die mittlere Sequenzierung Abdeckung 50.
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Schreiben Sie die Gleichung eingesetzt , um die Menge der Sequenzierung zu berechnen. Dies wird wie (Gesamt gezielt Basen) aussehen (Mittel -Sequenzierung Deckung ) /( Anreicherungseffizienz ) = Menge der Sequenzierung.
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Plug in 62 MB für " Gesamt gezielte Grundlagen " und 0,65 für der " Bereicherung Effizienz." Fügen Sie die Sequenzierung Deckungssumme von 50x und die Gleichung wird wie (62) (50) /0.65 aussehen. Das Ergebnis der Gleichung 4,8 GB von Sequenzierungsdaten sein.